L'umidità è indispensabile al letargo delle Hermanni, l'essenziale è che ,come hai confermato tu, non ci sia ristagno d'acqua : la muffa è dovuta al fieno, metti solo foglie secche preferibilmente di noce, castagno, quercia. Se proprio devi fare un lavoro nel loro recinto le devi spostare in un locale dove la temperatura sia sempre stabilmente sotto i 10°C , in caso contrario avrai un semiletargo che è molto dannoso per le tartarughe : al tuo posto ,dal momento che le devi comunque spostare, allestirei un recinto provvisorio mettendole adesso che, come scrivi, le temperature non sono troppo basse.
Questa soluzione è comunque preferibile al tenerle nel locale a temperatura bassa dove non piovendo avresti difficoltà a fornire la giusta umidità.