Inutile dire che l'acquaragia non è da usare per questa pulizia, basta uno scovolino per bottiglie prolungato con del fil di ferro, del sapone neutro o sapone antibatterico, olio di gomito e acqua corrente.
da "uomo della strada" ti direi che se hai lavato bene i tubi con acqua corrente, sapone neutro e uno scovolino per bottiglie fatto scorrere nei tubi, dovresti teoricamente avere rimosso ogni residuo di acquaragia.
non sono un chimico quindi non so se per caso il solvente venga assorbito dalla gomma dei tubi e poi rilasciato lentamente in acqua....
se hai dubbi, sostituisci i tubi, di solito col filtro ne viene data una lunghezza notevole e quindi forse avrai degli avanzi nuovi.