Aiuto per il filtro

Ciao, ho comprato una vasca più grande per la mia tartaruga e un filtro.
Come ho letto nella spiegazione ho lasciato la vasca vuota per 30/40 giorni e lasciato acqua sporca.
A quel punto ho messo la tartaruga nell'acquario ma primo non è che resti proprio pulito si accumula lo sporco.
Secondo l'acqua inizia a fare un po' di odore.
Dove ho sbagliato? Come posso rimediare?
In secondo luogo vorrei sapere se per un certo periodo il filtro non viene utilizzato dopo bisogna rifare tutta la procedura dei 30 giorni prima di ricominciare a usarlo normalmente?