Ovviamente separale, ma credo tu l'abbia già fatto.
Se passi uno spazzolino con delicatezza le macchie rimangono?
Comunque sono dell'opinione di Maura, ti conviene andare da un veterinario esperto in rettili.
Per rispondere alla tua ultima domanda, di "pancia" direi che potrebbe anche essere un qualcosa che ha dalla nascita, soprattutto alla luce del fatto che ci hai detto che le tartarughine condividono lo stesso recinto.