Cerco consiglio per acqua "marcia".

Ciao a tutti, raccolgo l'acqua piovana dentro una cisterna sotterrata che anni fa era adibita a serbatoio per il gasolio da riscaldamento, tanti ma tanti anni fa.
Oggi ho acceso la pompa per annaffiare l'orto-giardino e dopo un po sentivo odore di marcio, inoltre se la mettevo in un secchio si formava della schiuma.
Io credo propio che ci fosse poca acqua e quella poca che c'era alla fine è "marcita", (non so neanche se si può definire marcia l'acqua quindi scusate), anche se recentemente ha piovuto la puzza rimane
I dubbi sono:
1) siccome più avanti la userei per ripristinare l'acqua evaporata dai mastelli potrebbe far male a pesci ed eventualmente alle tartarughe ?
2) lasciandola riposare in mastelli tutt'ora vuoti quindi all'aperto,tra sole e ombra, potrà perdere il difetto e sarà utilizzabile ?
Grazie a chi risponderà.