Ciao, quando il flusso di mandata si riduce notevolmente è segno che il filtro si sta intasando, perciò devi procedere alla manutenzione delle spugne, preferibilmente sciacquandole con l'acqua dell'acquario e non sotto il rubinetto per far si che la flora batterica non muoia. Se la stabulazione dell'animale è la stessa di quella descritta in precedenza in questa discussione, credo che, per ora, il filtro sia abbastanza adeguato. Da acquariofilo ancor prima che da appassionato di tartarughe, ti dico che i test a strisce non sono affidabili per nulla, di solito si usano quelli a reagente, ma per le tartarughe i valori che, per i pesci sono fondamentali, sono pressochè irrilevanti. Diciamo che se si vuole verificare la maturazione del filtro un test a reagente per i nitriti NO2 potrebbe essere indicativo.
La situazione da te descritta "l'odore di pesce marcio" è il classico esempio di collasso del filtro o di errata/non avvenuta maturazione: le colonie batteriche non sono più in grado di smaltire tutti gli inquinanti che si accumulano nel filtro intasandolo e ristagnando, provocano quell'odore. Qui deve subentrare da parte tua una descrizione della gestione alimentare della tarta e dei cambi d'acqua.
Un ultimo fattore, comunque non determinante, da tenere in considerazione è quello della temperatura: non so dove vivi ma con l'aumento delle temperature e la conseguente diminuzione dell'ossigeno in acqua alcuni ceppi di batteri tendono a lavorare meno e peggio.
Detto ciò sicuramente di filtri esterni migliori ce ne sono parecchi. Io fossi in te proverei a vedere se con i dovuti accorgimenti il filtro matura e funziona a regime, facendo attenzione alla quantità di cibo somministrata e provando ad utilizzare un attivatore batterico dato che la tarta è in vasca e c'è il rischio che il filtro non maturi e collassi nuovamente. Non esagerare con le sifonature, muovere i vari elementi e alterare gli equilibri della vasca continuamente non va bene come anche metterci sempre le mani. Le piante o sono fissate a qualcosa o nel substrato oppure se mangiate dalla tarta o trasportate vicino all'aspirazione del filtro, creano solo problemi decomponendosi e contribuendo ad intasare il filtro. Piuttosto metti delle galleggianti come la pistia o delle anubias legate ad un tronco.
Inoltre non sono un esperto della specie e magari è la foto che fuorvia, ma il carapace mi sembra disomogeneo, malformato. Quasi sicuramente è una mia impressione, attendi il parere di qualcun altro.