Grazie fedebombo per la risposta molto chiara ed elaborata... vado per gradi:

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ti dico che i test a strisce non sono affidabili per nulla, di solito si usano quelli a reagente, ma per le tartarughe i valori che, per i pesci sono fondamentali, sono pressochè irrilevanti. Diciamo che se si vuole verificare la maturazione del filtro un test a reagente per i nitriti NO2 potrebbe essere indicativo.
Quindi andrebbero comprati solo quelli per NO2 o anche NO3? Nel caso provo a fare alcune ricerche online e vediamo se ne trovo qualcuno valido. Nel punto vendita vicino casa mia (praticamente l'unico....) avevano solo le mega confezioni da 60 o 90€ e li ho trovati alquanto eccessivi.

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La situazione da te descritta "l'odore di pesce marcio" è il classico esempio di collasso del filtro o di errata/non avvenuta maturazione: le colonie batteriche non sono più in grado di smaltire tutti gli inquinanti che si accumulano nel filtro intasandolo e ristagnando, provocano quell'odore. Qui deve subentrare da parte tua una descrizione della gestione alimentare della tarta e dei cambi d'acqua.
Infatti questa seconda volta mi sono reso conto del filtro che non funzionava bene grazie a questo odore (oltre alla riduzione del flusso dell'acqua)..
Il chironomus è l'alimento preferito, ho provato con vongole o gamberetti ma non sono state molto gradite, inoltre al massimo 1-2 volte al mese le do anche il reptomin Energy (2). Per quanto riguarda il chironomus viene divorato subito e la quantità è giornaliera pari a meno della grandezza della testa. Prima ne mettevo all'incirca quanto la sua testa ma spesso rimaneva sul fondo, quindi ho pensato di dosare la quantità in base a quanto mangia. Tra l'altro, il non mangiato dalla tartaruga, viene mangiato dall'esemplare di guppy presente in vasca e che possiedo da 1 anno e mezzo. Era in un acquario separato ma ho dovuto per forza dismetterlo... la convivenza non porta problemi e si ignorano a vicenda, se lui si avvicina mentre lei sta mangiando non ci sono aggressioni...

Cambi d'acqua: mi era stato consigliato, adesso, di non procedere. Avevo ingenuamente avviato un filtro (a metà marzo) interno che poi non serviva a nulla e quando l'ho sostituito con questo esterno ho effettuato cambi di circa il 10% ogni giorno per 30 giorni. L'acqua, però, non è mai stata limpida quanto adesso che ho tolto le spugne e messo esclusivamente cannolicchi.

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Un ultimo fattore, comunque non determinante, da tenere in considerazione è quello della temperatura: non so dove vivi ma con l'aumento delle temperature e la conseguente diminuzione dell'ossigeno in acqua alcuni ceppi di batteri tendono a lavorare meno e peggio.
A questo ci avevo pensato anche io: l'abitazione è nuova e ben coibentata, quindi anche d'estate con i dovuti accorgimenti difficilmente si superato i 26 gradi interni, ma essendo presenti condizionatori viene molto spesso ridotta la temperatura con la funzione deumidificatore. Ho notato che, tenendo la spot accesa dalle 12 alle 21, nel pomeriggio (adesso che i condizionatori non sono ancora necessari), la temperatura dell'acqua ha raggiunto 27 gradi ed ho immaginato fosse troppo... non credo che lei soffre ma potrebbe portare problemi. Come si potrebbe ridurre?

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Detto ciò sicuramente di filtri esterni migliori ce ne sono parecchi. Io fossi in te proverei a vedere se con i dovuti accorgimenti il filtro matura e funziona a regime, facendo attenzione alla quantità di cibo somministrata e provando ad utilizzare un attivatore batterico dato che la tarta è in vasca e c'è il rischio che il filtro non maturi e collassi nuovamente. Non esagerare con le sifonature, muovere i vari elementi e alterare gli equilibri della vasca continuamente non va bene come anche metterci sempre le mani. Le piante o sono fissate a qualcosa o nel substrato oppure se mangiate dalla tarta o trasportate vicino all'aspirazione del filtro, creano solo problemi decomponendosi e contribuendo ad intasare il filtro. Piuttosto metti delle galleggianti come la pistia o delle anubias legate ad un tronco.
Inoltre non sono un esperto della specie e magari è la foto che fuorvia, ma il carapace mi sembra disomogeneo, malformato. Quasi sicuramente è una mia impressione, attendi il parere di qualcun altro.
Si il carapace infatti è già stato segnalato come malformato... io non pensavo proprio ci fosse un problema, non ho confrontato le foto online con altre della specie...

Per la pulizia allora cercherò di evitare di farlo continuamente, stavo pensando di aggiungere degli arredi in ceramica che preferisco rispetto alla resina..... Inoltre per le piante effettivamente erano tutte sciolte che si muovevano con il flusso d'acqua ma la loro degradazione era troppo veloce (anche se molto velocemente crescevano). Attualmente la vasca è vuota...