Per inquinare l'acqua così dovrebbe essere morta ed in decomposizione....
l'unica motivazione che mi viene in mente è che la vasca è piccola, io ho sempre allestito vasche di buone dimensioni, ovvero 100x40 o l'equivalente 80x50 con 20 / 30 cm di colonna di acqua.
Tengo vasche più piccole per le baby neonate, ma lì serve acqua bassissima dove un filtro non lavora, e quindi cambio l'acqua integralmente tutti i giorni.
Per tartarughe baby più grandicelle, uso vasche come per gli adulti, prive di filtro e con molte piante ossigenanti e fito depuranti.
a questo punto l'unica è aspettare il canonico mese: non credo tu sia mai arrivato a 30 / 40 giorni di funzionamento continuo senza aperture o manutenzioni straordinarie; si sa mai che con la maturazione del filtro tutto si risolva.
sicuramente se ne è già parlato... ma in 23 pagine faticherei a trovarlo: che tipo di cibo utilizzi? faccio un esempio, se stai usando latterini o pesce, queste tartarughe quando fanno a brandelli il cibo inevitabilmente creano delle piccole particelle di pesce che si spargono, per questo motivo io tengo sempre nelle vasche dei pesciolini come le gambusia (ma indoor potrebbero essere guppy o endler) che durante il pasto della tartaruga vanno a mangiare tutte le "briciole" e gli scarti.
prova anche a ridurre o eliminare il pesce - se lo stai usando - e usare pellet di ottima qualità e lombrichi, togliendo gli eventuali avanzi di cibo.
la tartaruga può tranquillamente mangiare ogni 3 giorni.