Ciao, il nylon è una fibra tessile, penso che a meno di trattamenti particolari non sia impermeabile.
Dovresti proteggere con una tettoia di plastica o di legno inclinata e che sia facilmente removibile (non deve essere un coperchio)

Il box che hai preparato di cosa è fatto?
Se è fatto di legno ed è 1x1 se non vengono alluvioni non si dovrebbe allagare.
Se dovesse venire un'alluvione ti suggerisco di coprirlo tutto.
Qui è come ho coperto i rifugi delle mie, ma il recinto è a terra e non ha problemi di drenaggio



Ciao