Ciao, per favore non scrivere con le k ( esempio: scrivi "che", non scrivere "ke" ), è contro il regolamento. Probabilmente con una foto dell'esemplare sapremmo identificare meglio l'eventuale annerimento del carapace. La parte trasparente, se ho capito cosa intendi, non è altro che il carapace in crescita, che si opacizzerà e prenderà colore con il tempo.

Corazza, comunque, non è il termine adatto. La parte superiore si chiama carapace, la parte inferiore piastrone. I quadratini sono gli scuti.

Se nei tre anni non è mai stata portata da un veterinario esperto in rettili, suggerisco di portarla subito, almeno per un esame delle feci, con il quale è possibile capire se ci sono parassiti ( questo non c'entra con il carapace, è un suggerimento generico, ma fondamentale ).